La aplicacion de tecnologias limpias o amigas del ambiente tambien implica un costoambiental si no se usan racionalmente.

Por atar algunos de los riegos, la fabricacion del biodiesel conlleva riesgos ambientales como la tala inmoderada, el cambio de cultivos, el avance de las fronteras agricolas hacia zonas de bosques por lo que su produccion debe estar controlada y frenar sus impactos ambientales negativos. En el caso del etanol, elaborado a base de la fermentacion del maiz, es esencial controlar que la siembra de este grano siga siendo prioritariamente para consumo humano y no sea de prioridad a la produccion de combustible frente a la de alimentos. Otro ejemplo: el uso d acietes, basura y llantas como combustibles alternos requieren instalaciones especiales que no permitan que los residuos de este proceso vayan al ambiente, pues resultan aun mas contaminantes que los combustibles fosiles.